O FAS é composto por cinco estruturas básicas:
- Plenária Geral (PG). formada pelos signatários da Carta, tem função deliberativa e se reúne uma vez por ano.
- Colegiado (CG). uma instância representativa dos signatários com função consultiva e deliberativa, atuando em caso de impasses e dúvidas entre os membros da CE. É composto por: i) cinco redes (GTA, FOIRN, CNS, COIAB e Instituto Ethos); ii) dez entidades da sociedade civil (Imazon, PSA, Amazônia para Sempre, ARQMO, ISA, Instituto Observatório Social, OAB-Pará, AAICO, Avina e WWF); iii) uma universidade (UFMA); iv) onze empresas/entidades empresariais (FVRD, Grupo Orsa, Banco da Amazônia, Petrobrás, IFC, Alcoa, Queiroz Galvão Siderúrgica, Grupo André Maggi, Grupo Eco, Sindiferpa e Instituto Carvão Cidadão).
- Comissão Executiva (CE). responsável pelo planejamento, coordenação e definição das linhas de atuação do FAS, e acompanhamento das discussões nos GTs. É formada por instituições indicadas na fundação: GTA, FOIRN, FVRD, Imazon, Ethos, Fundação Avina, PSA, Grupo Orsa, ISA, CNS e IFC.
- Secretaria Executiva (SE). responsável pela execução das ações e atividades determinadas pela Comissão Executiva, está a cargo do Imazon. A SE promove também a interação entre CE e GTs, coordena a realização de encontros e eventos e é responsável pela administração financeira do FAS.
- Grupos de Trabalho (GT): responsáveis pela promoção de conteúdo e elaboração de propostas para a consecução dos objetivos do FAS. Cada GT conta com um moderador e um representante da CE. Cabe ao moderador orientar a discussão e manter o foco de trabalho. Cada instituição integrante do FAS pode aderir ao GT livremente. No primeiro ano do FAS foram definidos temas gerais pela PG para serem discutidos e encaminhados no âmbito de oito GTs.
